Xã Khánh Xuân nằm ở phía đông bắc huyện Bảo Lạc, có vị trí địa lý:
- Phía đông giáp xã Xuân Trường
- Phía tây giáp thị trấn Bảo Lạc và xã Phan Thanh
- Phía nam giáp xã Phan Thanh và xã Xuân Trường
- Phía bắc giáp Trung Quốc và xã Cô Ba.
Xã Khánh Xuân có diện tích 58,03 km², dân số năm 2019 là 3.064 người[1], mật độ dân số đạt 53 người/km².